Die Schülerinnen und Schüler besuchen bildungsspezifische Lernstufen.

Die Lernstufen sind in Primarstufe (Klasse 1 – 6), Sekundarstufe I (Klasse 7 – 10) und Berufsbildungsstufe (Klasse 11-12) unterteilt. Die Lernstufen der Primarstufe und der Sekundarstufe I umfassen zusammen in der Regel zehn Schuljahre. Mit deren Besuch wird die Vollzeitschulpflicht erfüllt. Die Berufsschulpflicht wird durch den Besuch der Berufsbildungsstufe erfüllt. Sie umfasst in der Regel zwei Schuljahre. In der Schule St. Johannesberg variiert die Anzahl der Klassen je nach Gesamtschülerzahl. In jeder Klasse werden sieben bis zehn Kinder und Jugendliche von einem Klassenteam (zwei Lehrkräfte, eine pädagogische Fachkraft) unterrichtet. Die Klassen sind hinsichtlich Grad und Schwere der Behinderung gemischt. Bei Bedarf und auf Antrag werden einzelne Schüler:innen durch eine Einzelfallhilfe (externe Träger) im Schulalltag unterstützt.

Eine Klasse wird klassenstufenübergreifend geführt und nach den reformpädagogischen Grundsätzen von Maria Montessori unterrichtet. Hier wird besonderes didaktisches Material angeboten, welches selbständiges entdeckendes Arbeiten ermöglicht. Im Unterricht spielt das Erlernen und Ausführen der Freiarbeit mit diesem Material eine wichtige Rolle.

Die Platzzahl der Schule ist auf ca. 85 Schülerinnen und Schüler ausgerichtet.